Повечето изследвания показват, че хормоналните контрацептиви имат ембриотоксичен (влияят по време на ембриогенезата) и тератогенен ефект върху плода. Използването им в първия триместър на бременността може да доведе до тежки малформации на плода и дори до неговата смърт, както и до по-леки аномалии в скелета, черепа, които не застрашават живота на плода и новороденото.

Изследванията показват, че тези медикаменти влияят върху рецепторите, които участват в механизма на синтез на РНК и ДНК в ядрото на клетките в различни тъкани, и по този начин проявяват своите ембриотоксични и тератогенни ефекти.

Проучванията, които са правени преди повече от две десетилетия, показват, че момичетата, родени от майките, които са употребявали орални контрацептивни средства преди периода на забременяване или през първите седмици на бременността, развиват тумори на женските полови органи в периода на пубертетната възраст. Тези тумори и тази канцерогенна активност се дължат на тогава използваните противозачатъчни средства, които са били с високи дози на естрогени и гестагени.

В днешно време са създадени нови орални контрацептивни средства с много ниски дози на тези хормони, но въпреки това рискът за плода остава голям. Поради тази причина хормоналните контрацептивни средства са с висока степен на риск и са в категория X.

Препоръчва се прекратяването на препарат поне шест месеца преди забременяване.

Противозачатъчните таблетки